Después de unos años de travesía en el desierto, Hammer y sus artistas recalan en Giant Records, con quienes edita dos álbumes. La popularidad del gangsta-rap y el G-Funk hace que su imagen y mensaje se endurezca levemente, lo que no acaba de ser entendido por casi nadie. Con Teddy Riley a los mandos y la presencia de Da Dogg Pound The Funky Headhunter (1994, Giant Records) se plantea casi de manera conceptual como una justificación de si mismo, con tracks de respuesta a artistas como Q-Tip o MC Serch por sus supuestos ataques previos. A pesar de su notable cifra de ventas y alcanzar el platino, el disco es visto como un fracaso. En 1995, con su carrera y sus finanzas bajo mínimos, las pésimas ventas de V Inside Out provocan su despido de Giant Records.
Tras un breve paso por Death Row Records, en el que se rumorea que llegó a grabar temas junto a Snoop Dogg, Big Daddy Kane y 2Pac que jamás vieron la luz, firma un acuerdo con EMI, que está interesada en editar recopilatorios con sus viejos éxitos. Los buenos resultados hacen que EMI le de luz verde para que en 1998 edite Family Affair, un proyecto de música Gospel centrado en promocionar la religión y los valores familiares, que a partir de aquí centrarán su vida artística y personal. Convertido desde hace años en pastor protestante, MC Hammer comienza a trufar su mensaje de referencias religiosas, y su lucha será a partir de este momento encontrar distribución independiente para sus múltiples propuestas. Entre 2001 y 2005 edita dos álbumes que pasan sin pena ni gloria, hasta que en 2006 Look Look Look (Oaktown), con unos Scott Storch y Lil Jon venidos a menos en la producción, logre alcanzar las 700,000 copias vendidas en todo el mundo. Tras lanzar diversos singles que pasan desapercibidos, en 2010 regresa con un vídeo-single en el que acusa a Jay Z de adorar al diablo. Así, «Better Run Run!» le devuelve a la primera plana con un vídeo entre kitsch y bizarro, en el que demuestra a todos su capacidad de denunciar a los adoradores del diablo y bailar al mismo tiempo.
Hoy, convertido en un icono más cultural y estético que musical, y a pesar de su aparente retiro, continúa paseándose de vez en cuando por televisión, lanzando singles de manera puntual y dando conciertos en los típicos eventos para nostálgicos. Su figura, desdeñada y triturada en su época por la escena Hip-Hop de San Francisco es hoy en día, sin embargo, respetada y venerada por los artistas de la Bahía como la de una de las personas que más hizo por desarrollar y profesionalizar el género en esta ciudad.
